Rafał Ślusarz

 
 
 
 

WdMM - ćwiczenie 2


Ćwiczenie nr 2.

Słowa kluczowe: wizualizacja, odczyt, zapis, eksport

Przygotowanie

Do dzisiejszego ćwiczenia potrzebne będą następujące pliki: Utwórz w swoim katalogu domowym katalog o nazwie "cwiczenie2" (bez "ogonków" i spacji) i skopiuj do niego wszystkie wymienione pliki. Znajdziesz je w katalogu /big/WdMM/cw2

Rzeczy, które musisz wiedzieć

reszta alaniny
- jedna reszta aminokwasowa, reszta alaniny, składa się z 10-ciu atomów; atom znajduje się tam, gdzie widać jego oznaczenie (label). Przyjrzyj się dobrze, które to są punkty, bo w ćwiczeniu trzeba je będzie umieć wskazać i kliknąć; klikamy dokładnie w środek miejsca, które na obrazku obok jest opisane labelem

trialanina
- jeden łańcuch peptydowy, składa się z trzech reszt alaninowych (z trzech reszt aminokwasowych, z których każda jest resztą alaninową), są połączone ze sobą wiązaniami peptydowymi.
W czerwonej obwódce została zaznaczona środkowa (druga w sekwencji aminokwasowej) reszta aminokwasowa.
W obwódkach niebieskich zostały zaznaczone dodatkowe atomy rozpoczynające (z lewej: dwa atomy wodoru) lub kończące (z prawej: atom tlenu) łańcuch peptydowy.
Licząc te dodatkowe atomy terminujące pierwsza reszta alaninowa składa się z 12 atomów, druga z 10 zaś trzecia z 11 atomów.

 

 

RasMol

  1. Uruchomienie i wywołania

    1. Uruchomienie.

      Program RasMol uruchamia się poleceniem wydanym w terminalu. Polecenie brzmi: rasmol
      Uruchom program. Sprawdź działanie prawego przycisku myszy. Zakończ działanie programu.

    2. Wczytywanie struktur.

      Uruchom program RasMol ponownie. Odszukaj jego menu główne, zlokalizuj pozycję File > Open... i korzystając z niej wczytaj do programu strukturę zawartą w pliku "celobioza.pdb".
      Po pomyslnym wczytaniu pliku z celobiozą - zakończ działanie programu. Przejdż w terminalu do katalogu zawierającego skopiowane struktury i uruchom program RasMol jednocześnie wczytując plik z celobiozą, polecenie: rasmol celobioza.pdb
      Po pomyslnym wczytaniu pliku z celobiozą - zakończ działanie programu.

  2. Wizualizacja.

    Uruchom program wczytując strukturę receptora oksytocyny (OTR.pdb).
    Sprawdź działanie wszystkich opcji w menu podręcznym (prawy przycisk myszy):

    • Display
    • Colors
    • Options
    • Sprawdź, jak na wyświetlanie struktury działają: prawy lub lewy przycisk myszy w połączeniu z klawiszem SHIFT lub klawiszem "ctrl". Przedw wszystkim zlokalizuj kombinację odpowiadającą za zbliżanie i oddalanie struktury (zoom)
    Zakończ działanie programu.

  3. command line

    Uruchom RasMol'a wczytując plik z dekaalaniną (dekaalanina.pdb).

    1. Sprawdź, jaki wpływ na program ma klawisz funkcyjny F7
      Przy włączonym command line kliknij na kilka wybranych atomów załadowanej struktury. Sprawdź, jakie informacje uzyskujesz w uruchomionym polu tekstowym.
    2. Włącz wyświetlanie struktury w postaci patyczków (sticks)
    3. Włącz wyświetlanie numerów reszt (Options > Labels)
      Komentarz: w przypadku cząsteczek peptydów liniowych i tam, gdzie jest to możliwe, strukturę należy wyświetlać w takim ułożeniu w przestrzeni, aby początek łańcucha (jej "N-koniec") znajdował się z lewej strony i na ekranie łańcuch postępował zgodnie z sekwencją aminokwasową - w prawą stronę ("C-koniec" znajduje się z prawej strony).
    4. Wybierz drugą resztę dekaalaniny
      W celu wybrania konkretnej reszty w command line programu wpisz: select 2
      (sprawdź, co "odpowiedział" program); nastepnie zmień sposób wyświetlanej reszty na model czaszowy (spacefill; użyj do tego menu podręcznego Display)
    5. INACZEJ: Wybierz czwartą resztę dekaalaniny i zmień jej wyświetlanie na model czaszowy korzystając z linii poleceń
      wykonaj kolejno:
      • select 4
      • spacefill
      Sprawdź inne polecenia: spacefill off, spacefill 40, spacefill 120, spacefill 700
    6. Zmień tryb wyświetlania reszty 6 na patyczki w kolorze czerwonym
      powyżesz polecenie wykonaj w linii poleceń; wypróbuj polecenia: wireframe off, wireframe on, wireframe 120, color red, color green, color greenblue, color [128,128,128], color cpk
      Więcej definicji kolorów znajdziesz na: tej stronie
    7. wybierz (zaznacz) atom CA dziesiątej reszty: select ALA10.CA, a następnie zmień jego wyświetlanie na czerwoną czaszę o promieniu 100. Sprawdź, czy wybrany atom to na pewno atom węgla alfa reszty dziesiątej

      właściwy atom

      Sprawdź działanie poleceń (sprawdzaj ile atomów jest za każdym razem zaznaczonych i które są to atomy - na przykład zmieniając ich sposób wyświetlania i/lub kolor; odpowiedzi na poniższe pytania będą potrzebne do sprawozdania):

      1. select 10 - wybiera atom, czy resztę?
      2. select 1-3 - wybiera trzy atomy, czy trzy reszty?
      3. select *.N - które atomy wybiera? Dlaczego akurat tyle?
      4. select ALA.CA - które atomy wybiera? Dlaczego aż tyle?
      5. select atomno==49 - wybiera atom, czy resztę? Jak sprawdzić, jakiego typu to atom (jaki pierwiastek chemiczny?)
      6. select all - ile atomów wybiera?
      7. select none - które atomy wybiera?
    8. Zmiana podpisu
      Wybierz atom CA reszty dziesiątej i sprawdź działanie poleceń:
      • label %i, label %n, label %r, label %n%r, label %a, label "Ostatni atom wegla w pozycji alfa"
      • color labels yellow, color labels white, color labels cyan
      • set fontsize 10, set fontsize 2, set fontsize 16
    9. Zmiana koloru tła i przybliżenia struktury:
      Sprawdź, jak działają polecenie background z argumentami odpowiadającymi nazwom kolorów (przede wszystkim "white" i "black")
      Sprawdź też działanie polecenia zoom z argumentem liczbowym w zakresie od 1 do 1000
    10. Inne tryby wyświetlania
      Zanim wykonasz poniżesz polecenia wybierz (select) wszystkie atomy w układzie.
      Sprawdź działanie zmiany trybu wyświetlania dostępnego w menu kontekstowym Display wydając odpowiednie polecenia w linii poleceń - z argumentami liczbowymi, np. ribbons 400 dla włączenia wyświetlania w postaci Ribbons. Po każdym z trybów (przetestuj: wireframe, spacefill, ribbons, strands i backbone) wyłączaj bieżące wyświetlanie, aby nie "zasłonić" kolejnego (czyli po włączeniu spacefill 200 wydaj potem polecenie spacefill off). Na stałe może być włączony tylko wireframe on
      Uwaga: Pozycja menu sticks odpowiada reprezentacji wireframe 40 (aby ją włączyć należy w linii poleceń wydać właśnie to polecenie), zaś "Balls & sticks" odpowiada złożeniu wyświetlania spacefill i wireframe z odpowiednimi argumentami określanącymi odpowiednie promienie.
    11. Eksport grafiki:
      w linii poleceń wydaj polecenie: write zrzut.ppm
      Sprawdź, jaki plik został utworzony (w katalogu, skąd uruchomiony został program RasMol) i co zawiera.
      Wykonaj:
      Do eksportu grafiki można także użyć menu RasMol'a: File > Export.... Czasami pojawiają sie problemy z alokacją pamięci, jednak (o ile taki eksport grafiki zadziała) TAKIE zapisanie grafiki (zwłaszcza w formacie PNG) zdecydowanie LEPIEJ ODWZOROWUJE kolory reprezentowanej na ekranie struktury. Warto o tym pamiętać, kiedy "write" zapisze obraz niewłaściwie. Wykonaj zapis obrazu metodą eksportu. Zapisz obraz zrzut.png (zwróć uwagę na rozszerzenie nazwy).
      Jeżeli eksport tą metoda nie zadziała - wykorzystaj systemowy zrzut ekranu jedną z dwóch metod:
      • metodą: ALT-PrintScreen (gotowy plik PNG jest wtedy zapisywany w katalogu ~/Obrazy) lub
      • uruchamiając narzędzie do zrzutów ekranu "Zrzut ekranu" (z menu głównego).
      Uzyskany w ten sposób obraz zapisz jako zrzut.png Metoda uzyskania tego pliku jest dowolna - byle skuteczna.
      Nie zamykaj RasMol'a.

    12. Reset wyświetlania i skrypty
      Przygotuj skrypt wejściowy do programu RasMol:
      W nowym terminalu:
      Edytorem tekstowym gedit utwórz i zapisz w folderze "cwiczenie2" plik tekstowy o nazwie "czerwony.scr" zawierający sekwencję poleceń:
      select all
      color cpk
      wireframe 40
      select 2
      spacefill 100
      color red
      select 5-10
      wireframe off
      strands 200
      zoom 200
      select *.ca
      spacefill 40
      labels %r
      echo To nie jest pieciolinia...
      
      Zakończ edycję skryptu (zamknij gedita) i dalsze polecenia wykonuj w poprzednio uruchomionym RasMolu.
      Sprawdź działanie polecenia: zap (wydaj to polecenie w linii poleceń RasMol'a)
      Aby ponownie załadować (wczytać) strukturę (z linii poleceń RasMol'a) wydaj polecenie: load dekaalanina.pdb
      Aby załadować i wykonać plik skryptu, w linii poleceń RasMol'a wydaj polecenie: script czerwony.scr

      Po ocenieniu efektu działania skryptu możesz zakończyć działanie programu RasMol.

  4. Sprawozdanie z ćwiczenia

    W sprawozdaniu (plik ODT przygotowany w edytorze OpenOffice Writer) umieść odpowiedzi na pytania postawione w punkcie "III 7." oraz grafikę przygotowaną w programie RasMol, przedstawiającą strukturę:

    dekaalanina do przygotowania grafika powyżej przygotowana została z wykorzystaniem pliku dekaalanina.pdb

    Wymagania są dobrze widoczne na obrazie - należy odtworzyć możliwie wiernie reprezentowany obraz.

  5. Udostępnienie zaliczenia
    Na swój dysk Google, do foldera "WDMMcwiczenie2", prześlij pliki:
    1. zrzut.ppm
    2. zrzut.png
    3. czerwony.scr
    4. przygotowaną przez siebie garfikę dekaalaniny
    5. sprawozdanie w formacie ODT
    6. to samo sprawozdanie w formacie PDF ( w menu Writera: Plik > Eksportuj jako PDF...)

    Tak zaopatrzony folder udostępnij prowadzącemu przed końcem zajęć; adres do udostępnień: rafal.slusarz@etoh.chem.univ.gda.pl

WdMM - powrót.

pełna wersja  |   wersja OTR

↑↑↑


  Data ostatniej modyfikacji strony: 27.01.2022 r.