WdMM - ćwiczenie 4

Ćwiczenie nr 4.

Słowa kluczowe: współrzędne wewnętrzne - tworzenie i edycja

---

1. Przygotowanie do ćwiczenia

   Materiały opisujące konstrukcję macierzy Z zostały zawarte w kursie w PE UG Mestwin, na tej stronie (treść dostępna po zalogowaniu się do PE). Zapoznaj się z tym materiałem w całości. Są tam podane gotowe sposoby tworzenia takich macierzy - będziemy z tego (dzisiaj) korzystać.

2. Wszystkie czynności wykonuj w odpowiednim katalogu lokalnym (na potrzeby tego ćwiczenia powinine to być katalog o nazwie "cwiczenie4". Przed uruchomieniem Molden'a przejdź (w terminalu) do tego właśnie katalogu.

   Przygotuj macierz Z 1-bromo-4-chloro-1,3-butadienu (struktura na załączonej grafice):

   

   Strukturę przygotuj w ten sposób, aby można było swobodnie zmieniać wartość kąta torsyjnego C5-C4-C3-C2, czyli tak musisz zdefiniować kolejności atomów, aby przez wiązanie C3-C4 nie "prowadzić definicji" innych kątów torsyjnych (mówiąc prościej: atom C3 i C4 nie mogą być kliknięte jako drugi i trzeci atom; kliknięcia w innej kolejności są dozwolone/możliwe). Na załączonej (wyżej) ilustracji zostało to wymuszone odpowiednią kolejnością atomów. Zachowaj tę kolejność (grafikę można powiększyć przez jej kliknięcie - będzie wtedy widać numery atomów).

   Wyjaśnienie: Tworząc (dodając) na przykład atom numer 8 klikamy kolejno: 3-2-1, a nie 3-4-5 - dzięki temu środek kąta torsyjnego, który właśnie zdefiniowaliśmy nie przechodzi przez wiązanie 3-4, a więc później, przy zmianie wartości tego kąta nie zaburzymy położenia podstawnika 8.
   Podobnie lokowanie atomu 9 musi sie odbyć "w kierunku" atomu chloru, a nie atomu bromu.

   Dane strukturalne:
   Długości wiązań: Br-C: 1,9 Å; C=C: 1,335 Å; C-C: 1,45 Å; C-Cl: 1,75 Å; H-C: 1,09 Å.
   Ze względu na występowanie wiązań podwójnych (C2=C3 oraz C4=C5), wszystkie kąty walencyjne w tej strukturze przyjmują wartość 120°
   Wartości kątów torsyjnych: 0° lub 180° - zależnie od położenia.
   

3. Przygotuj struktury zaliczeniowe.
   Jako struktury zaliczeniowe zapisz pliki ze współrzędnymi wewnętrznymi 1-bromo-4-chloro-1,3-butadienu w takiej konformacji, aby wartość kąta torsyjnego C5-C4-C3-C2 wynosiła:
   1. 180° (struktura natywna, przygotowana wg ilustracji). Plik musi się nazywać zwiazek180.mop (format MOPAC)
      • Tę samą strukturę zapisz w formacie "Gamess-US" pod nazwą zwiazek180.gam
      • Tę samą strukturę zapisz w formacie "Gaussian" pod nazwą zwiazek180.gau
      • Tę samą strukturę zapisz w formacie "Cartesian-XYZ" pod nazwą zwiazek180.xyz
   2. 90° - plik musi się nazywać zwiazek90.mop (format MOPAC)
   3. 0° - plik musi się nazywać zwiazek0.mop (format MOPAC)

4. Sprawozdanie z ćwiczenia.
   W sprawozdaniu z ćwiczenia umieść (wklej) współrzędne wenętrzne (cztery komplety zapisane w punkcie "III.a") w formacie MOPAC, Gamess-US, Gaussian i Cartesian-XYZ i krótko przedyskutuj, czym formaty te się różnią (ta dyskusja jest warta 10%).

5. Przygotuj i zapisz w formacie MOPAC współrzędne wewnętrzne kofeiny. Plik musi się nazywać kofeina.mop. Przygotuj także ilustrację (grafikę) przygotowanego w tym punkcie związku (nazwa pliku: kofeina.png (format PNG)).
   Zapytaj prowadzącego o możliwe uproszczenia tego zadania.

6. Udostępnienie do zaliczenia
   Na swój dysk Google, do foldera "WDMMcwiczenie4", prześlij pliki:
   
   1. zwiazek180.mop
   2. zwiazek180.gam
   3. zwiazek180.gau
   4. zwiazek180.xyz
   5. zwiazek90.mop
   6. zwiazek0.mop
   7. kofeina.mop
   8. kofeina.png
   9. sprawozdanie w formacie ODT
   10. to samo sprawozdanie w formacie PDF

   Tak zaopatrzony folder udostępnij prowadzącemu przed końcem zajęć; adres do udostępnień: rafal.slusarz@etoh.chem.univ.gda.pl

WdMM - powrót.

↑↑↑