Rafał Ślusarz

 
 
 
 

WdMM - ćwiczenie 4


Ćwiczenie nr 4.

Słowa kluczowe: współrzędne wewnętrzne - tworzenie i edycja

  1. Przygotowanie do ćwiczenia

    Materiały opisujące konstrukcję macierzy Z zostały zawarte w kursie w PE UG Mestwin, na tej stronie (treść dostępna po zalogowaniu się do PE).

  2. Wszystkie czynności wykonuj w odpowiednim katalogu lokalnym (na potrzeby tego ćwiczenia powinine to być katalog o nazwie "cwiczenie4". Przed uruchomieniem Molden'a przejdź (w terminalu) do tego właśnie katalogu.

    Przygotuj macierz Z 1-bromo-4-chloro-1,3-butadienu (struktura na załączonej grafice):

    struktura do przygotowania

    Strukturę przygotuj w ten sposób, aby można było swobodnie zmieniać wartość kąta torsyjnego C5-C4-C3-C2. Oznacza to konieczność takiej definicji kolejności atomów, aby przez wiązanie C3-C4 nie "prowadzić definicji" innych kątów torsyjnych. Na załączonej (wyżej) ilustracji zostało to wymuszone odpowiednią kolejnością atomów. Zachowaj tę kolejność (grafikę można powiększyć przez jej kliknięcie - będzie wtedy widać numery atomów).

    Wyjaśnienie: Tworząc (dodając) na przykład atom numer 8 klikamy kolejno: 3-2-1, a nie 3-4-5 - dzięki temu środek kąta torsyjnego, który właśnie zdefiniowaliśmy nie przechodzi przez wiązanie 3-4, a więc później, przy zmianie wartości tego kąta nie zaburzymy położenia podstawnika 8.
    Podobnie lokowanie atomu 9 musi sie odbyć "w kierunku" atomu chloru, a nie atomu bromu.

    Dane strukturalne:
    Długości wiązań: Br-C: 1,9 Å; C=C: 1,335 Å; C-C: 1,45 Å; C-Cl: 1,75 Å; H-C: 1,09 Å.
    Ze względu na występowanie wiązań podwójnych (C2=C3 oraz C4=C5), wszystkie kąty walencyjne w tej strukturze przyjmują wartość 120°
    Wartości kątów torsyjnych: 0° lub 180° - zależnie od położenia.

  3. Przygotuj struktury zaliczeniowe.
    Jako struktury zaliczeniowe zapisz pliki ze współrzędnymi wewnętrznymi 1-bromo-4-chloro-1,3-butadienu w takiej konformacji, aby wartość kąta torsyjnego C5-C4-C3-C2 wynosiła:
    1. 180° (struktura natywna, przygotowana wg ilustracji). Plik musi się nazywać zwiazek180.mop (format MOPAC)
      • Tę samą strukturę zapisz w formacie "Gamess-US" pod nazwą zwiazek180.gam
      • Tę samą strukturę zapisz w formacie "Gaussian" pod nazwą zwiazek180.gau
      • Tę samą strukturę zapisz w formacie "Cartesian-XYZ" pod nazwą zwiazek180.xyz
    2. 90° - plik musi się nazywać zwiazek90.mop (format MOPAC)
    3. 0° - plik musi się nazywać zwiazek0.mop (format MOPAC)

  4. Sprawozdanie z ćwiczenia.
    W sprawozdaniu z ćwiczenia umieść (wklej) współrzędne wenętrzne (cztery komplety zapisane w punkcie "III.a") w formacie MOPAC, Gamess-US, Gaussian i Cartesian-XYZ i krótko przedyskutuj, czym formaty te się różnią.

  5. Przygotuj i zapisz w formacie MOPAC współrzędne wewnętrzne kofeiny. Plik musi się nazywać kofeina.mop. Przygotuj także ilustrację (grafikę) przygotowanego w tym punkcie związku (nazwa pliku: kofeina.png (format PNG)).
    Zapytaj prowadzącego o możliwe uproszczenia tego zadania.

  6. Udostępnienie do zaliczenia
    Na swój dysk Google, do foldera "WDMMcwiczenie4", prześlij pliki:
    1. zwiazek180.mop
    2. zwiazek180.gam
    3. zwiazek180.gau
    4. zwiazek180.xyz
    5. zwiazek90.mop
    6. zwiazek0.mop
    7. kofeina.mop
    8. kofeina.png
    9. sprawozdanie w formacie ODT
    10. to samo sprawozdanie w formacie PDF

    Tak zaopatrzony folder udostępnij prowadzącemu przed końcem zajęć; adres do udostępnień: rafal.slusarz@etoh.chem.univ.gda.pl

WdMM - powrót.

↑↑↑


  Data ostatniej modyfikacji strony: 21.12.2021 r.