Konstrukcja dalbawancyny

plik do LEaP-a budujący dalbawancynę z tego pliku PDB (plik zawiera atomy wodoru i niewłaściwe rozdzielenia reszt aminokwasowych - przed wykorzystaniem go w tLEaP-ie może być konieczne usunięcie at. wodoru i dodanie TER-ów) z wykorzystaniem pliku parametrów:

source leaprc.GLYCAM_06j-1
source leaprc.water.tip3p
#source leaprc.protein.ff03.r1
loadamberparams params_dalba.dat
loadoff pre/dma.off
loadamberprep pre/0gd.pre
loadamberprep pre/2zn.pre
loadamberprep pre/ra0.pre
loadamberprep pre/tcd.pre
loadamberprep pre/tnh.pre
loadamberprep pre/tnm.pre
loadamberprep pre/toc.pre
loadamberprep pre/tyd.pre
loadamberprep pre/tyf.pre
loadamberprep pre/tys.pre
loadamberprep pre/tyh.pre
#loadamberprep pre/al2.pre
#loadamberprep pre/al3.pre
#loadamberprep pre/d-iGlu.pre
#
cplx=loadpdb kompletny_antybiotyk.pdb
bond cplx.1.C1  cplx.2.OE1
bond cplx.2.C   cplx.3.N
bond cplx.2.N   cplx.4.C
bond cplx.4.N   cplx.9.C
bond cplx.9.CE1 cplx.2.CD1
bond cplx.4.OZ  cplx.5.CE2
bond cplx.5.OZ  cplx.10.C1
bond cplx.10.C23 cplx.11.CA
bond cplx.5.CE1 cplx.6.OZ
bond cplx.6.C   cplx.8.N
bond cplx.5.N   cplx.8.C
bond cplx.5.C   cplx.9.N
bond cplx.6.N   cplx.7.C
bond cplx.7.CE1 cplx.8.OE2
#charge cplx
#
addIons cplx Cl- 0
addIons cplx Na+ 0
solvateBox cplx TIP3PBOX 20
saveamberparm cplx dalbaEmpty.top dalbaEmpty.crd
#
quit

Potrzebny też będzie pakiet reszt niestandardowych (zawiera także trzy niestandardowe reszty do liganda, który później będzie tworzył kompleks z antybiotykiem).

PD - powrót.

↑↑↑