plik do LEaP-a budujący teikoplaninę z tego pliku PDB (pozbawionego atomów wodoru, bez łączeń) z wykorzystaniem pliku parametrów:
source leaprc.GLYCAM_06j-1 loadamberparams params_teiko.dat loadamberprep pre/tyd.pre loadamberprep pre/tys.pre loadamberprep pre/thh.pre loadamberprep pre/tho.pre loadamberprep pre/tnh.pre loadamberprep pre/tyh.pre loadamberprep pre/tyo.pre loadamberprep pre/1vl.pre loadamberprep pre/sd1.pre cplx=loadpdb teiko_in_woH.pdb bond cplx.8.CME cplx.11.C1 bond cplx.8.C1 cplx.2.OZ bond cplx.2.CE2 cplx.9.OZ bond cplx.7.O1 cplx.9.CB bond cplx.2.CE1 cplx.1.OZ bond cplx.3.N cplx.1.C bond cplx.3.OE2 cplx.4.CE1 bond cplx.4.C cplx.1.N bond cplx.3.C cplx.2.N bond cplx.2.C cplx.5.N bond cplx.5.C cplx.9.N bond cplx.9.C cplx.10.N bond cplx.10.CD1 cplx.5.CE1 bond cplx.10.CE1 cplx.6.O1 #charge cplx #neutralizacja #otaczanie woda saveamberparm cplx teiko.top teiko.crd # quit