Rafał Ślusarz
Zajęcia fakultatywne dla studentów kierunku Chemia.
Ćwiczenia stacjonarne, 27.03.2024 r.
Obrazy ruchome to obrazy przemawiające do wyobraźni i przykuwające uwagę.Dzisiejsze zadanie polega na przygotowaniu trzech animacji przedstawiających struktury chemiczne:
- obrót struktury, film
- film w stylu Mistrza Kinematografii, film
- obrót struktury, grafika animowana
Obrót
Wykorzystaj program PyMOL.Uruchom program PyMOL i wczytaj do niego strukturę przygotowaną na poprzednich zajęciach (pobierz plik konformacja.pse ze swojego dysku OneDrive).
- Ustawienia początkowe (pierwsza klatka filmu) powinna być taka sama, jak w ostatnim sprawozdaniu (czyli: nie ruszaj sceny PyMOL-a po załadowaniu pliku).
- wybierz Scene > Append. Na dole po lewej stronie okna głównego pojawi się pierwsza "scena" (punkt kluczowy, klatka główna) - zobacz numer "1" na grafice, poniżej.
- wybierz Movie > Append > 2 second; pojawią się dwa nowe elementy:
- pasek postępu (przesuwu) filmu: numer "2" na grafice, poniżej, oraz
- licznik klatek poniżej narzędzi manipulacji obiektem: numer "3" na grafice, poniżej:
- kliknij prawym przyciskiem myszy w suwak na pasku postępu ("2") i z menu kontekstowego wybierz store with scene > 001
- przesuń (lewym przyciskiem myszy) suwak na pasku postępu filmu ("2") do klatki numer 15
- teraz uważnie obróć swoją strukturę względem osi pionowej tak, aby obróciła się ona o 90 stopni w prawo (jeżeli poprzednio była prostopadle do patrzącego (czyli równolegle do powierzchni ekranu), to teraz powinna znaleźć się równolegle do patrzącego)
- wybierz Scene > Append
- kliknij prawym przyciskiem myszy w suwak na pasku postępu i z menu kontekstowego wybierz store with scene > 002
- przesuń suwak do klatki 30
- obróć cząsteczkę o kolejne 90 stopni (aby pokazać płasko jej "tylną" stronę); podczas przesuwania paska postępu filmu cząsteczka obróci się w kierunku, z którego została obrócona - zignoruj ten ruch i przesuń (obróć) cząsteczkę zgodnie z Twoimi oczekiwaniami
- wybierz Scene > Append
- wybierz store with scene > 003
- obróć strukturę o kolejne 90 stopni (aby pokazać ją prostopadle do ekranu, drugą stronę)
- wybierz Scene > Append
- wybierz store with scene > 004
- sprawdź, jak wygląda przygotowana ścieżka ruchu, uruchamiając odtwarzanie zapisanego programu (przycisk "play", poniżej licznika klatek)
- Jeżeli animacja Cię satysfakcjonuje - zatrzymaj jej odtwarzanie i przejdź do zapisu filmu. Jeżeli nie - ponownie wczytaj plik PSE i ponownie zakoduj ścieżkę ruchu z zapisywaniem kolejnych scen. Powinieneś uzyskać efekt podobny do:
- Aby zapisać swój film, wybierz: File > Export Movie As... > MPEG.... Zmień rozdzielczość na 720p, resztę opcji pozostaw domyślną. Wybierz Save Movie as... i nazwij swój film obrot.mp4
- Gotowy plik wyślij na swój dysk OneDrive, do katalogu filmy
Spielberg
Otwórz nowe okno PyMOL-a.- wczytaj (z sieciowej bazy danych) kompleks: 5MAM (serotonina w kompleksie z insuliną): File > Get PDB ... > PDB ID: 5MAM> Download
- przyjrzyj się pobranej strukturze; odszukaj cząsteczki serotoniny (5-hydroksytryptaminy) - w pobranym kompleksie powinno ich być 14; potrenuj zbliżanie i oddalanie całej struktury tak, aby pokazać z bliska jedną, wybraną cząsteczkę serotoniny; kiedy skończysz testy zresetuj początkowe ustawienie sceny wydając polecenie reset w linii poleceń PyMOL-a.
- ustaw wymaganą reprezentację struktury:
- 5mam: C > spectrum > rainbow (kolorowanie całej struktury kompleksu wg schematu "odwróconej tęczy" (reszty początkowe na niebiesko, później kolejno, do ostatnich reszt na czerwono))
- wybierz (zaznacz) wszystkie cząsteczki serotoniny poleceniem: sel resn sro (czyli: select, residue name, SRO (w pobranym kompleksie cząsteczki serotoniny są opisane nazwą SRO))
- pojawi się nowa linijka służąca manipulacji reprezentacją zaznaczonych reszt (serotoninami):
- używając kontrolek z tej właśnie linijki, wybierz reprezentowanie serotonin w kolorach standardowych PyMOL-a: (sele) > C > by element > CNOS... (drugi od góry, z zieloną reprezentacją at. węgla)
- wyłącz wyświetlanie zaznaczeń klikając w "(sele)"
- dodaj podstawę filmu o długości 12 (dwunastu) sekund
- dodaj pierwszą scenę i zakoduj pierwszą klatkę sceny (Scene > Append; store with scene > 001)
- zaplanuj i wykonaj ścieżkę ruchu eksponującą jedną, wybraną cząsteczkę serotoniny, wg czterech czynności kluczowych:
- duże zbliżenie na wybraną cząsteczkę SRO (zobacz wymagania czasowe, poniżej)
- oddalenie i plan ogólny
- zmiana reprezentacji SRO na spheres
- obrót kompleksu i pokazanie tej samej cząsteczki SRO z innej strony kompleksu
- wymagania czasowe:
do dyspozycji masz 12 sekund filmu; pierwsza i czwarta część powinny być najdłuższe (po 1/3 długości filmu, a więc po 120 klatek)
na oddalenie (druga) i zmianę reprezentacji (trzecia czynność) zużyj po 60 klatek
Przykładowy wynik: - przejrzyj i wyeksportuj przygotowany film w formacie MP4. Film nazwij mistrz.mp4 i prześlij go na swój dysk OneDrive.
GIF
Do niektórych zastosowań lepsze niż filmy MP4 są animowane GIF-y.Wykorzystamy gotowy film MP4 (obrot.mp4), aby na jego przykładzie dokonać takiej konwersji.
- w terminalu tekstowym przejdź do katalogu zawierającego plik obrot.mp4
- wykonaj polecenie:
convert -scale 640x480 -delay 10 -fill yellow -pointsize 40 -draw "text 20,40 'napisik ;) '" obrot.mp4 obrot.gif
znaczenie poszczególnych przełączników:- scale - zmiana wielkości (rozdzielczości) pliku wynikowego; użyj dokładnie tej wielkości (640x480)
- delay - opóźnienie wyświetlania kolejnych klatek (w centysekundach); możesz poeksperymentować z różnymi wartościami
- fill - napis, który zostanie umieszczony na grafice będzie właśnie w tym kolorze; możesz użyć dowolnego koloru (poza czarnym)
- pointsize - wielkość czcionki napisu
- draw - umieść napis na każdej klatce filmu
- text 20,40 - napis umieść 20 px od lewej krawędzi i 40 px od górnej krawędzi grafiki
- napisik - tekst, który zostanie umieszczony na grafice - użyj napisu wg własnego pomysłu; nie może to być "napisik ;) "
uwaga: uważaj na (i precyzyjnie odtwórz) wszystkie ograniczniki ciągów: "cudzysłów" i 'pojedynczy apostrof' - dwie nazwy plików: źródłowy i wynikowy - użyj dokładnie tych nazw
- Po konwersji sprawdź, jak wygląda przygotowana przez Ciebie animacja; w razie potrzeby zmień parametry konwersji.
- Powinieneś uzyskać mniej więcej taki efekt:
- Wygenerowany plik obrot.gif wyślij na swój dysk OneDrive
Sprawozdanie.
Przygotowane dzisiaj pliki prześlij na swój dysk OneDrive w ramach uczelnianej usługi Office365 - do dedykowanego foldera (filmy), a następnie udostępnij prowadzącemu cały folder (najlepiej bez możliwości edycji przez prowadzącego...).Folder udostępnij na adres: rafal.slusarz@staffms.ug.edu.pl (ten ze zdjęciem).
Ocenie podlegać będzie spełnienie wymagań stawianych trzem zadaniom (zgodność z wymaganą ścieżką animacji, inwencja, rodzaj i jakość przygotowanej animacji) - każdy z trzech plików osobno.
CwPM - powrót.