Rafał Ślusarz
Program RasMol uruchamia się poleceniem wydanym w terminalu. Polecenie brzmi: rasmol
Uruchom program. Sprawdź działanie prawego przycisku myszy. Zakończ działanie programu.
Uruchom program RasMol ponownie. Odszukaj jego menu główne, zlokalizuj pozycję File > Open... i korzystając z niej wczytaj do programu strukturę zawartą w pliku "celobioza.pdb".
Po pomyslnym wczytaniu pliku z celobiozą - zakończ działanie programu.
Przejdż w terminalu do katalogu zawierającego skopiowane struktury i uruchom program RasMol jednocześnie wczytując plik z celobiozą, polecenie: rasmol celobioza.pdb
Po pomyslnym wczytaniu pliku z celobiozą - zakończ działanie programu.
Uruchom program wczytując strukturę receptora oksytocyny (OTR.pdb).
Sprawdź działanie wszystkich opcji w menu podręcznym (prawy przycisk myszy):
Uruchom RasMol'a wczytując plik z dekaalaniną (dekaalanina.pdb).
Sprawdź działanie poleceń (sprawdzaj ile atomów jest za każdym razem zaznaczonych i które są to atomy - na przykład zmieniając ich sposób wyświetlania i/lub kolor):
Wykonaj:Nie zamykaj RasMol'a.
Do eksportu grafiki można także użyć menu RasMol'a: File > Export.... Czasami pojawiają sie problemy z alokacją pamięci, jednak (o ile taki eksport grafiki zadziała) TAKIE zapisanie grafiki (zwłaszcza w formacie PNG) zdecydowanie LEPIEJ ODWZOROWUJE kolory reprezentowanej na ekranie struktury. Warto o tym pamiętać, kiedy "write" zapisze obraz niewłaściwie. Wykonaj zapis obrazu metodą eksportu. Zapisz obraz zrzut.png (zwróć uwagę na rozszerzenie nazwy).
Jeżeli eksport tą metoda nie zadziała - wykorzystaj systemowy zrzut ekranu metodą: ALT-PrintScreen. Uzyskany w ten sposób obraz zapisz jako zrzut.png Metoda uzyskania tego pliku jest dowolna - byle skuteczna.
W nowym terminalu:Zakończ edycję skryptu (zamknij gedita) i dalsze polecenia wykonuj w poprzednio uruchomionym RasMolu.
Edytorem tekstowym gedit utwórz i zapisz w folderze "cwiczenie2" plik tekstowy o nazwie "czerwony.scr" zawierający sekwencję poleceń:
select all color cpk wireframe 40 select 2 spacefill 100 color red select 5-10 wireframe off strands 200 zoom 200 select *.ca spacefill 40 labels %r echo To nie jest pieciolinia...
Po ocenieniu efektu działania skryptu możesz zakończyć działanie programu RasMol.
W sprawozdaniu (plik ODT przygotowany w edytorze OpenOffice Writer) umieść odpowiedzi na pytania postawione w punkcie "III 7." oraz dwie grafiki przygotowane w programie RasMol, przedstawiające struktury:
Grafika 1:
grafika powyżej przygotowana została z wykorzystaniem pliku dekaalanina.pdb
W przypadku tej struktury wymagania są dobrze widoczne na obrazie - należy odtworzyć możliwie wiernie reprezentowany obraz.
Wymagania związane z tym rysunkiem:
Tak zaopatrzony folder udostępnij prowadzącemu przed końcem zajęć; adres do udostępnień: rafal.slusarz@etoh.chem.univ.gda.pl
WdMM - powrót.