Rafał Ślusarz
Konstrukcję macierzy współrzędnych wewnętrznych rozpocznij od zbudowania łańcucha Cl-C-C-Cl
Strukturę przygotuj w ten sposób, aby można było swobodnie zmieniać wartość kąta torsyjnego na wiązaniu pomiędzy atomami węgla (bez deformowania położenia podstawników). W praktyce oznacza to konieczność takiej definicji kolejności atomów, aby przez wiązanie C1-C2 nie "prowadzić definicji" innych, właściwych kątów torsyjnych. Należy tu (niestety) dla atomów wodoru zdefiniować niewłaściwe kąty torsyjne wg kolejności:
Dane strukturalne:
Długości wiązań: C-C: 1,45 Å; C-Cl: 1,75 Å; C-H: 1,089 Å;.
Ze względu na hybrydyzację sp3 atomów węgla, wszystkie kąty walencyjne w tej strukturze przyjmują wartość 109,471°
Wartości kątów torsyjnych - zależnie od definicji i kolejności atomów.
AUX LARGE CHARGE=0 SINGLET NOOPT PM6
Należy zadbać o to, aby współrzędne rozpoczynały się w linii czwartej.
Opis poszczególnych słów kluczowych znajduje się na tej stronie.
Każdy z plików mop jest plikiem wejściowym do obliczeń w programie mopac2009/mopac2016. Aby uruchomić obliczenia, w terminalu należy wydać polecenie:
mopac dichl000.mop
Obliczenia powinny trwać mniej, niż 1/3 sekundy i tworzą trzy nowe pliki: out, arc i aux dla każdego pliku wejściowego.
Dla nas (dzisiaj) najłatwiejszym sposobem odnlezienia interesującej nas wartości energii całkowitej jest odczytanie jej z pliku arc. Poszukiwana wartość znajduje się w linijce:
TOTAL ENERGY = -XXX.XXXXX EV(wartość energii podana jest w elektronowoltach).
W pliku tekstowym o nazwie energie.dat umieść znalezione wartości energii w formacie:
wartość_kąta wartość_energii
na przykład:
5 -800.21418 10 -800.22432 15 -800.25412
Przygotuj prosty wykres liniowy w programie gnuplot:
W terminalu tekstowym uruchom program, wydając polecenie gnuplot - uruchomi się interaktywna powłoka programu, w której poleceniami będzie można rysować wykresy i opisywać je.
Dwa najważniejsze polecenia do podstawowego zastosowania to plot i quit
W poleceniu plot w pojedynczych apostrofach podajemy nazwę zbioru danych a nastepnie opcjonalnie styl rysowania wykresu (np. wykres liniowy z zaznaczonymi punktami danych będzie wymagał podania argumentu with linespoints lub w skrócie w lp).
Przykład:
plot '/big/WdMM/cw5/gnuplot_przyklad.dat' w lp(oczywiście powyższe polecenie należy wydać wewnątrz programu gnuplot...)
Uruchom program gnuplot, narysuj przykładowy (powyższy) wykres.
Rzecz, o której musisz pamiętać: /big/WdMM/cw5/gnuplot_przyklad.dat z przykładu, powyżej, to pełna ścieżka do pliku z danymi. Kiedy będziesz przygotowywać wykres ze swoich danych, zapisanych we własnym pliku, to zamiast podanej w przykładzie ścieżki (/big/WdMM/cw5/) i nazwy pliku (gnuplot_przyklad.dat) musisz podać swoją ścieżkę i nazwę swojego pliku chyba, że uruchomisz gnuplot'a z katalogu, w którym znajduje się plik z danymi do przygotowania wykresu (a tak właśnie powinno być) - w takim przypadku nie trzeba podawać żadnej ścieżki, tylko samą nazwę pliku z danymi, na przykład: dane.dat
Ten sam zestaw danych i wykres z opisem osi, bez powtórzeń osi, z tytułemi i z wykorzystaniem dowykresu pierwszych dwóch kolumn pliku z danymi (using 1:2) oraz drugiego pliku z danymi, przy czym wartością odciętych był tu numer wiersza (using 0:1):
set border 3
set xtics nomirror
set ytics nomirror
set xlabel 'Kolejne dane'
set ylabel 'Wartosci danych'
set title 'Przykladowe wykresy'
plot '/big/WdMM/cw5/gnuplot_przyklad.dat' u 1:2 w lp t 'dane z pierwszego pliku','/big/WdMM/cw5/gnuplot_przyklad2.dat' u 0:1 w lp t 'dane drugie'
Program GNUPLOT posiada opcje eksportu wykresu do plików graficznych (bezpośrednio do PNG), lub skorzystanie z opcji zapisania w buforze/schowku systemowym grafiki obszaru wykresu. Taki obraz wykresu wykonuje się używając ikony schowka w lewym górnym roku okna z wykresem:
>
Tak zapamiętany obraz należy wkleić w oknie edytora grafiki (np. w Gimp'ie będzie to Ctrl-SHIFT-V) i przerobić/zapisać wg wymagań (nie trzeba tego oczywiście robić, jeżeli eksport bezpośrednio do PNG zadziała....). Nie trzeba też tego robić teraz, ponieważ narysowane wykresy to tylko przykład wykorzystania programu gnuplot.
Istnieje też nieśmiertelna metoda otrzymania grafiki z takim wykresem przez wykonanie zrzutu ekranu i wycięcie z niego interesującego nas obszaru (np. w programie GIMP - dostępnym w pracowni)
Szersze wykorzystanie programu Gnuplot zostało opisane w materiałach do wykładu.
Tak zaopatrzony folder udostępnij prowadzącemu przed końcem zajęć; adres do udostępnień: rafal.slusarz@etoh.chem.univ.gda.pl
WdMM - powrót.