Rafał Ślusarz

 
 
 
 

Minimalizacje i optymalizacje


  1. sander - do obliczeń jednowątkowych, sander.MPI - do wielowątkowych (TI: max 4)
  2. najprostszy plik wejściowy do minimalizacji energii:
    Najprostsza, domyslna minimalizacja
     &cntrl
       imin=1,
       maxcyc=15000, ncyc=1000,
       ntpr=50,
       ntb=0,
       cut=12.0,
     &end
      
    
    (w pliku wejściowym zawsze należy dodać dodatkową, co najmniej jedną pustą linijkę)
    prosta minimalizacja z uwzględnieniem narzuconych odległości:
    Minimization with cartesian restraints
     &cntrl
        imin=1,
        ntpr=500,
        cut=12.0,
        nsnb=20,
        ibelly=1,
        maxcyc=15000,
        ncyc=5000,
        nmropt=1,
        ntb=0,
     &end
    #
    # RESTRAINS
    #
     &wt type='REST', istep1=0, istep2=0,
                      value1=1.,value2=1., &end
     &wt type='END'  &end
    LISTOUT=POUT
    DISANG=RST.dat
    wszystkie wybrane sa uwolnione
    0
    FIND
    * * * *
    SEARCH
    RES 1 9999
    END
    END
    
    

    przykładowa składnia wymienionego wyżej pliku RST.dat:

    # res: 1 and 5; dist: 4, tolerancja: 3
     &rst iat= 1, 152,
     r1=  2.50, r2=  3.00, r3=  5.00, r4=  5.50, rk2= 800.0, rk3= 800.0, &end
    
  3. ważne: jeżeli układ ma być periodyczny i kolejne obliczenia będą na tym bazowały, to w opcjach minimalizacji muszą się znaleźć opcje opisujące traktowanie warunkow periodyczności (ntb=2, ntp=2)
  4. wykonaj optymalizację geometrii pliku cyklodekaalaniny (wykonanej w części "podstawy LEaP", p. 7)
    sander -O -i input -o output -p topologia -c koordynatyIN -r restartCZYLIkoordynatyOUT
  5. oceń wynik (strukturę)
  6. wykresy wynikowe:
    grep lub process_minout.perl output; interesują nas zmiany ENERGY i RMS
    gnuplot
  7. dynamika molekularna, przykładowy plik wejściowy:
    Najprostsza dynamika w boksie
     &cntrl
       imin=0, irest=0, ntx=1,
       ntt=1, temp0=300.0, tautp=1.0,
       ntp=2, taup=0.2,
       ntb=2, ntc=2, ntf=2,
       nstlim=100000,
       ntpr=1000,
       cut=9.0,
       ntwe=1000, ntwx=1000, ntpr=1000,
     &end
    
    
  8. uruchmomienie na czterech rdzeniach:
    mpirun -np 4 /users/local/amber/amber12/bin/sander.MPI -O -i input -o output -p topologia -c koordynatyIN -r restartCZYLIkoordynatyOUT
  9. skrypt automatycznej analizy (wyodrębnienia wyników): process_mdout.perl; można tez użyć grep na "outpucie"; potem gnuplot

PD - powrót.

↑↑↑


  Data ostatniej modyfikacji strony: 22.03.2023 r.