Minimalizacje i optymalizacje

1. sander - do obliczeń jednowątkowych, sander.MPI - do wielowątkowych (TI: max 4)
2. najprostszy plik wejściowy do minimalizacji energii:
   

   Najprostsza, domyslna minimalizacja
    &cntrl
      imin=1,
      maxcyc=15000, ncyc=1000,
      ntpr=50,
      ntb=0,
      cut=12.0,
    &end
     
   

   (w pliku wejściowym zawsze należy dodać dodatkową, co najmniej jedną pustą linijkę)
   prosta minimalizacja z uwzględnieniem narzuconych odległości:
   

   Minimization with cartesian restraints
    &cntrl
       imin=1,
       ntpr=500,
       cut=12.0,
       nsnb=20,
       ibelly=1,
       maxcyc=15000,
       ncyc=5000,
       nmropt=1,
       ntb=0,
    &end
   #
   # RESTRAINS
   #
    &wt type='REST', istep1=0, istep2=0,
                     value1=1.,value2=1., &end
    &wt type='END'  &end
   LISTOUT=POUT
   DISANG=RST.dat
   wszystkie wybrane sa uwolnione
   0
   FIND
   * * * *
   SEARCH
   RES 1 9999
   END
   END
   
   

   przykładowa składnia wymienionego wyżej pliku RST.dat:
   

   # res: 1 and 5; dist: 4, tolerancja: 3
    &rst iat= 1, 152,
    r1=  2.50, r2=  3.00, r3=  5.00, r4=  5.50, rk2= 800.0, rk3= 800.0, &end
   

3. ważne: jeżeli układ ma być periodyczny i kolejne obliczenia będą na tym bazowały, to w opcjach minimalizacji muszą się znaleźć opcje opisujące traktowanie warunkow periodyczności (ntb=2, ntp=2)
4. wykonaj optymalizację geometrii pliku cyklodekaalaniny (wykonanej w części "podstawy LEaP", p. 7)
   sander -O -i input -o output -p topologia -c koordynatyIN -r restartCZYLIkoordynatyOUT
5. oceń wynik (strukturę)
6. wykresy wynikowe:
   grep lub process_minout.perl output; interesują nas zmiany ENERGY i RMS
   gnuplot
7. dynamika molekularna, przykładowy plik wejściowy:
   

   Najprostsza dynamika w boksie
    &cntrl
      imin=0, irest=0, ntx=1,
      ntt=1, temp0=300.0, tautp=1.0,
      ntp=2, taup=0.2,
      ntb=2, ntc=2, ntf=2,
      nstlim=100000,
      ntpr=1000,
      cut=9.0,
      ntwe=1000, ntwx=1000, ntpr=1000,
    &end
   
   

   Dynamika z uwzględnieniem więzów odległościowych zawartych w pliku RST.dat:

   tytul jakis - najlepiej odpowiadajacy skladowi kompleksu 
   &cntrl                           
     imin=0, irest=0, ntx=1,         
     ntt=1, temp0=300.0, tautp=1.0,   
     ntp=2, taup=0.2,    
     ntb=2, ntc=2, ntf=2, 
     nstlim=100000,   
     ntpr=1000,        
     cut=9.0, nmropt=1, 
     ntwe=1000, ntwx=1000, ntpr=1000,                                                                                                                     
   &end                            
   #                              
   # RESTRAINS                   
   #                            
   &wt type='REST', istep1=0, istep2=0, 
                    value1=1.,value2=1., &end 
   &wt type='END'  &end                      
   LISTOUT=POUT    
   DISANG=RST.dat 
   0             
   FIND         
   * * * *     
   SEARCH     
   RES 1 9999
   END      
   END     
          
   

8. uruchmomienie na czterech rdzeniach:
   mpirun -np 4 /users/local/amber/amber12/bin/sander.MPI -O -i input -o output -p topologia -c koordynatyIN -r restartCZYLIkoordynatyOUT -e zapisENErgii -x trajektoriaWYjsciowa
   na przykład:
   mpirun -np 4 /users/local/amber/amber12/bin/sander.MPI -O -i md.in -o 01.out -p topologia -c 00.crd -r 01.crd -e 01.ene -x 01.trj
   Kolejność przełączników nie ma znaczenia.
9. skrypt automatycznej analizy (wyodrębnienia wyników): process_mdout.perl; można tez użyć grep na "outpucie"; potem gnuplot

PD - powrót.

↑↑↑