Podstawy LEaP

1. tleap - uruchamianie, kończenie, tworzone pliki
   uruchomienie tleap-a z plikiem wejsciowym: tleap -f nazwa_pliku.in
2. a=sequence {ALA GLU ALA}
   zapisanie na dwa sposoby:
   SavePdb obiekt nazwa
   SaveAmberParm obiekt nazwaTOP nazwaCRD
   wygenerowanie PDB z TOP i CRD: ambpdb -p nazwaTOP < nazwaCRD > nazwaPDB
3. a=sequence {NALA GLU CALA}
   zapisanie, porównanie z poprzednim
4. ważne: jeżeli podczas tworzenia peptydów zostaną dodane terminalne reszty ("wg wiedzy chemicznej") choć nie jest to w tym momencie pożądane, to można wyłączyć automatyczne dodawanie terminant poleceniem clearPdbResMap - polecenie to należy (wewnątrz LEaP-a) wydać PRZED tworzeniem nowych obiektów
5. utworzenie Ala-Glu-Ala na podstawie istniejącego pliku PDB
   a=LoadPdb plikPDB
   zapisanie na dwa sposoby, ocena
6. niestandardowe reszty, plik PDB
   zapis na DWA sposoby
   wprowadzenie niestandardowego pliku PRE
   LoadAmberPrep d-glu.pre
   i zwykłe ładowanie pliku PDB, zapis, ocena
7. charge obiekt
8. dekaalanina z dodatkowym połączeniem 1-10:
   użyj polecenia zmienna=sequence {}
   bond obiekt.1.N obiekt.10.C
   zapis, ocena - zachowanie plików do późniejszej optymalizacji
9. asocjaty, kompleksy:
   pobierz pliki i rozpakuj je (tar xf kompleksowe.tar)
   ligand1=loadpdb plik1.pdb
   ligand2=loadpdb plik2.pdb
   kompleks=combine {ligand1 ligand2}
   zapis, ocena
10. JEŻELI nie da się zapisać TOP i CRD z powodu braku parametrów, należy dodać plik z parametrami:
    LoadAmberParams parametry.dat
    dodatkowe parametry muszą oczywiście zawierać brakujące dane; plik powyżej zawiera tylko jedną rzecz, specjalnie dla reszty LAC
11. taki sam kompleks można uzyskać z pojedynczego pliku wejściowego PDB.
    Wykonaj w nowym, pustym katalogu:
    
    • połącz ligand1.pdb i ligand2.pdb połączeniem cat - stwórz w ten sposób plik wejscie.pdb
    • sprawdź ROZDZIELENIE obiektów linijką TER
    • konstruując plik wejściowy do LEaP'a (lub wpisując polecenia ręcznie) załaduj kompletny plik PDB zawierający obydwa ligandy
    • zapisz wynik na dwa sposoby - porównaj z poprzednim
12. otaczanie wodą: może być potrzebne polecenie załadowania rozpuszczalników (LoadOff solvents.lib)
    SolvateDontClip obiekt TIP3PBOX odleglosc
    jeżeli ładunek obiektu nie sumuje się do zera, kompleks należy zneutraliować (może być potrzebne załadowanie bazy jonów: LoadOff ions94.lib)
    addIons obiekt Na+ 0
    lub
    addIons obiekt Cl- 0
    zapis, ocena
13. zadanie do zrealizowania:
    na podstawie dołączonego pliku PDB oraz dodatkowych plików PRE przygotuj kompletny plik PDB zawierający trzy oddziałujące łańcuchy pentapeptydowe o zneutralizowanym ładunku, otoczone wodą w ilości 8 Å od dowolnego atomu kompleksu, w periodycznym pudle sześciennym.

PD - powrót.

↑↑↑