Konstrukcja wankomycyny

plik do LEaP-a budujący wankomycynę z tego pliku PDB (pozbawionego atomów wodoru, bez łączeń):

#logfile leap.log
source leaprc.GLYCAM_06h-1
source leaprc.protein.ff03.r1
loadamberparams pre/additional_params.dat
# D-Ile, N-term:
loadamberprep pre/ilt.pre
# D-Tyr, do cyklizacji:
loadamberprep pre/tyv.pre
# Ala z bbonem amidowym:
loadamberprep pre/alt.pre
# D-Tyr, srodek:
loadamberprep pre/tys.pre
# D-Tyr bez CB:
loadamberprep pre/tyd.pre
# Tyr, do cyklizacji (jak TYV, ale L):
loadamberprep pre/tyf.pre
# Tyr, hydroksyle - koniec makrocyklu:
loadamberprep pre/toh.pre
# standardowy cukier:
# 2GB, 0LB
# vancosamine:
loadamberprep pre/vancosamine.pre
#loadamberprep pre/vancosamine_link.pre
#loadamberprep pre/dek.prep
#
# wankomycyna krystaliczna:
comp0=loadpdb wanko_woH.pdb
bond comp0.4.CE1 comp0.2.OZ
bond comp0.4.CE2 comp0.6.OZ
bond comp0.7.CD1 comp0.5.CE1
bond comp0.4.OZ comp0.8.C1
saveamberparm comp0 wanko_out.top wanko_out.crd
#
quit

PD - powrót.

↑↑↑