Podstawy LEaP

1. tleap - uruchamianie, kończenie, tworzone pliki
   uruchomienie tleap-a z plikiem wejsciowym: tleap -f nazwa_pliku.in
2. a=sequence {ALA GLU ALA}
   zapisanie na dwa sposoby:
   SavePdb obiekt nazwa
   SaveAmberParm obiekt nazwaTOP nazwaCRD
   wygenerowanie PDB z TOP i CRD: ambpdb -p nazwaTOP < nazwaCRD > nazwaPDB
3. a=sequence {NALA GLU CALA}
   zapisanie, porównanie z poprzednim
4. ważne: jeżeli podczas tworzenia peptydów zostaną dodane terminalne reszty ("wg wiedzy chemicznej") choć nie jest to w tym momencie pożądane, to można wyłączyć automatyczne dodawanie terminant poleceniem clearPdbResMap - polecenie to należy (wewnątrz LEaP-a) wydać PRZED tworzeniem nowych obiektów
5. utworzenie Ala-Glu-Ala na podstawie istniejącego pliku PDB
   a=LoadPdb plikPDB
   zapisanie na dwa sposoby, ocena
6. niestandardowe reszty, plik PDB
   zapis na DWA sposoby
   wprowadzenie niestandardowego pliku PRE
   LoadAmberPrep d-glu.pre
   i zwykłe ładowanie pliku PDB, zapis, ocena
7. charge obiekt
8. dekaalanina z dodatkowym połączeniem 1-10:
   użyj polecenia zmienna=sequence {}
   bond obiekt.1.N obiekt.10.C
   zapis, ocena - zachowanie plików do późniejszej optymalizacji
9. asocjaty, kompleksy:
   pobierz pliki i rozpakuj je (tar xf kompleksowe.tar)
   ligand1=loadpdb plik1.pdb
   ligand2=loadpdb plik2.pdb
   kompleks=combine {ligand1 ligand2}
   zapis, ocena
10. JEŻELI nie da się zapisać TOP i CRD z powodu braku parametrów, należy dodać plik z parametrami:
    LoadAmberParams parametry.dat
    dodatkowe parametry muszą oczywiście zawierać brakujące dane; plik powyżej zawiera tylko jedną rzecz, specjalnie dla reszty LAC. Plik ten będzie potrzebny w zadaniu 13.
11. taki sam kompleks można uzyskać z pojedynczego pliku wejściowego PDB.
    Wykonaj w nowym, pustym katalogu:
    
    • połącz ligand1.pdb i ligand2.pdb połączeniem cat - stwórz w ten sposób plik wejscie.pdb
    • sprawdź ROZDZIELENIE obiektów linijką TER
    • konstruując plik wejściowy do LEaP'a (lub wpisując polecenia ręcznie) załaduj kompletny plik PDB zawierający obydwa ligandy
    • zapisz wynik na dwa sposoby - porównaj z poprzednim
12. otaczanie wodą: może być potrzebne polecenie załadowania definicji używanych rozpuszczalników lub samego modelu wody (source leaprc.water.tip3p)
    SolvateDontClip obiekt TIP3PBOX odleglosc
    jeżeli ładunek obiektu nie sumuje się do zera, kompleks należy zneutraliować (jeżeli pojawia się ostrzeżenie o "domyślnym rozmiarze promienia VdW" to nie zostały załadowane parametry jonów; powinny byc załadowane razem z wodą - wcześniej)
    addIons obiekt Na+ 0
    lub
    addIons obiekt Cl- 0
    zapis, ocena
13. zadanie do zrealizowania:
    na podstawie dołączonego pliku PDB oraz dodatkowych plików PRE przygotuj kompletny plik PDB zawierający trzy oddziałujące łańcuchy pentapeptydowe o zneutralizowanym ładunku, otoczone wodą w ilości 8 Å od dowolnego atomu kompleksu, w periodycznym pudle sześciennym.

PD - powrót.

↑↑↑