Rafał Ślusarz

 
 
 
 

WdMM - ćwiczenie 2, receptor


wersja: OTR.


Przygotowanie

Do tej części ćwiczenia potrzebne będą następujące pliki:
OTR.pdb (tu jest dostępna także jego wersja skompresowana: OTR.zip)

W sprawozdaniu umieść grafikę przygotowaną w programie RasMol, przedstawiającą strukturę:
Grafika:
receptor do przygotowania grafika powyżej przygotowana została z wykorzystaniem pliku OTR.pdb

Wymagania związane z tym rysunkiem:

Jeżeli w wyniku wydania polecenia "color jakis_kolor" pojawi się odpowiedź RasMol'a: Unable to allocate shades! to należy zmienić kolejność kolorowania danego obiektu (reszty). Na przykład do efektu takiego prowadzi pokolorowanie najpierw całego łańcucha (np. 1-10) wg "group", a później wybraną resztę (np. serynę (SER)) na dowolny wybrany kolor (np. na zestaw CPK).
Aby w tym przypadku tego uniknąć, należy najpierw pokolorować dany łańcuch na CPK, a później wybrać wszystkie reszty z tego łańcucha oprócz reszty, która ma pozostać w swoim pierwotnym kolorowaniu i dopiero wtedy pokolorować je wg grup. W naszym przykładzie byłoby to:
select 1-10 &! SER
color group

- wtedy SER zostaje jako CPK, zaś pozostałe reszty z łańcucha reszt od 1 do 10 są pokolorowane wg grup.

Wykrzyknik oznacza "negację" (zaprzecenie) wyboru: select 1-10 &! 4 wybierze reszty 1-3 oraz 5-10. Taki sam efekt można uzyskać poleceniem: select 1-3 or 5-10. "or" stosujemy dlatego, że wybierana reszta może należeć do zakresu 1-3 lub 5-10 (nie może należeć jednocześnie do 1-3 i 5-10; jest to matematycznie niemożliwe).
Jeżeli wybierany obiekt musi być jednocześnie resztą z zakresu 1-10 i nazywać się np. SER, to stosujemy "koniunkcję" (and), na przykład: select 1-10 & SER lub (to samo) select 1-10 and SER

Udostępnienie zaliczenia:
Na swój dysk Google, do foldera "Ćwiczenie receptor", prześlij pliki:

  1. przygotowaną przez siebie garfikę receptora oksytocynowego
  2. sprawozdanie w formacie ODT lub doc/docx
  3. to samo sprawozdanie w formacie PDF ( w menu Writera: Plik > Eksportuj jako PDF...)

Tak zaopatrzony folder udostępnij prowadzącemu; adres do udostępnień: rafal.slusarz@etoh.chem.univ.gda.pl

WdMM - powrót.

↑↑↑


  Data ostatniej modyfikacji strony: 27.01.2022 r.